常見肛門疾病包括肛門搔癢、肛門廔管、肛門膿瘍、肛裂。
台灣氣候高溫溼熱，現代人生活型態又多偏靜態，肛門搔癢或疼痛情形不在少數。好發族群包括偏好穿貼腿褲的女性、需久坐的司機、粉領族或工程師、喜歡進補或吃麻辣鍋、晚上超過11點不睡覺的夜貓族等。

其中肛門搔癢尤其惱人，往往夜不成寢，越抓越癢，長期下來影響生活品質甚鉅。肛門搔癢可以口服藥物及局部藥膏達到控制的後果。但反覆發生的肛門搔癢仍要注意是否有局部皮膚異常增生，以避免惡性腫瘤發生但卻以為只是搔癢而輕忽。建議定期做大腸鏡檢查。

肛門廔管及膿瘍則為肛門附近的細菌感染，代表最近抵抗力比較弱或過於疲累，火氣較大才造成厲害的感染。

廔管是指表面皮膚感染穿透深部組織與直腸相通，導致口服及藥膏治療效果有限，容易反覆發作。必須和大腸直腸科醫師討論是否需要手術治療。
輕度的膿瘍可以口服抗生素及藥膏處理，但程度嚴重者亦須和醫師討論是否需要手術。

肛裂通常伴隨硬便產生，可能擦拭時會有些微鮮血。黏膜擦拭藥膏數日可癒。但容易反覆發作。亦可考慮手術治療。

少數腸癌患者初期症狀會以肛門問題表現，容易為人所輕忽，若肛門疾病反覆發作，宜接受醫師進一步檢查為佳。